日本建筑专业最好的大学分别是：东京大学、京都大学、早稻田大学、东京工业大学、东京艺术大学等。日本在建筑专业教育方面有着悠久的历史和卓越的声誉，其中东京大学是日本乃至全球建筑教育的领军者。以下是日本建筑专业最好的大学的推荐院校。

　　1、东京大学：自1873年建立日本第一个建筑学科以来，东京大学培养了许多著名建筑师，包括多位普利兹克奖得主，如丹下健三、磯崎新、槇文彦和伊东丰雄等。

　　2、京都大学：与东京大学齐名，是日本顶尖的国立大学之一，其建筑学科也在国际上享有很高的声誉。

　　3、早稻田大学：早稻田大学的建築学科也是日本建筑专业最好的几个学校之一，而且早稻田大学的「稲門建築会」是日本建筑界的两大学派之一。

　　4、东京工业大学：该校以工程技术见长，其建筑学科同样在国际上有着良好的评价。

　　东京艺术大学：作为日本的最高艺术学府，东京艺术大学的建筑学科属于美术系，专注于培养建筑家。

　　以上是日本建筑专业最好的大学的推荐院校，除了上述学校，还有信州大学、北海道大学、大阪大学等其他知名大学也提供优质的建筑教育。在选择日本建筑专业学校时，建议根据个人的兴趣和职业规划来做综合的评估。